某邪教组织的20名成员在一夜之间全部遇害，负责监视他们的两名FBI特工也不幸遇难。所有死者都是被巨斧劈开头颅而死，但现场却没有任何抵抗搏斗的迹象。由于斯科莉（吉莲·安德森 饰）称病，道吉特（罗伯特·帕特里克 饰）与斯基纳（米奇·皮莱吉 饰）搭档展开调查，发现邪教首领泰伯（基思·萨拉巴伊卡 饰）下落不明，他成为了此案的最大嫌疑人。 不久后，一名流浪汉也以同样的手法被杀害。斯基纳根据附近公共电话的通话记录，查到了当年曾和泰伯有过交易的毒品商。调查过程中，他们逐渐发现，泰伯似乎具备通过药物进入他人梦境行凶的能力。道吉特则面临着巨大的挑战……

Dan, a young priest who has abandoned his conservative diocese after learning of the death of his estranged friend, Paul. Struggling with a deep crisis of faith, he embarks on a journey to find the older priest who once abused Paul during their time in seminary. With a wounded coyote in the back of his car, Dan drifts through the American landscape, encountering eccentric travelers, stealing a gun and other assorted trophies, singing Prince songs and stopping at roadside attractions.

Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。

斯科莉（吉莲·安德森 饰）觉得象棋神童吉布森知晓穆德（大卫·杜楚尼 饰）的下落，以多格特（罗伯特·帕特立克 饰）为首的FBI也迅速赶到吉布森所在的沙漠小镇。多格特追踪到和吉布森一起逃跑的穆德，穆德从悬崖上摔下去后消失不见。 正如斯科莉所预料的，这个穆德是外星反叛者假扮的，众人跟着来到当地的一所学校。然而反叛者再次易容，混入FBI之中，还假冒斯科莉杀害探员，一时间人心惶惶。斯科莉和斯金纳来到荒漠救助了腿部受伤的吉布森，却没料到反叛者跟踪了过来……

某个星期五的下午，斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）和道吉特（Robert Patrick 罗伯特•帕特里克 饰）护送因杀妻罪名而被指控的黑人马丁•怀尔斯（Joe Morton 乔•莫顿 饰）走出法庭，混乱中马丁被岳父枪杀。 然马丁并未死去，反而经时光倒流回到了两天前，重新回到最终审判的前夕。侥幸逃生的马丁无论如何也想不起杀妻的经过，他一方面要想办法查出事实真相，一方面又要避免转移过程里被岳父杀害。然而时光倒流却未停止，逆流的时间一步步将马丁推向案件发生的那个夜晚……

尤他州北部的荒郊野外，发生了一起神秘的大巴车乘客被害事件。斯科莉（吉莲·安德森 饰）独自前往调查，在现场发现了不明粘液。她追踪一辆白色大巴，来到了一个没有信号、没有车辆，与世隔绝的破败小镇。车子抛锚后，她无奈被困于此。斯科莉四处寻求帮助却无果，隐隐感觉有人在阻止她离开。 当地居民请斯科莉照顾一个受伤的男人，这个男人背上有一个巨大的伤口，里面似乎藏着某种奇怪的生物。 留守总部查阅资料的道吉特（罗伯特·帕特里克 饰）得知斯科莉失联后，意识到自己的搭档可能正身处危险之中……

1990年，7岁小男孩比利（凯尔·佩皮 饰）在游乐场离奇失踪，他怀孕的母亲丽莎（金·格雷斯特 饰）悲痛万分。10年后，比利神秘归来，却沉默寡言，显得十分忧郁。斯科莉（吉莲·安德森 饰）和道吉特（罗伯特·帕特里克 饰）展开调查，然而道吉特的询问让丽莎感到不安，她匆忙把比利接走。道吉特坚称这是一起普通的绑架案，他走访了当年的嫌疑人罗纳特·帕尼尔（罗德尼·伊斯曼 饰），但毫无收获。回到家的比利，让全家人陷入了无尽的恐慌……

印第安纳州，供职于南方废品回收站的前军人雷•皮尔斯（Wade Williams 韦德•威廉斯 饰）被认为患有海湾战争综合症，经病痛长期折磨后不幸去世。同事兼好友科特（Scott MacDonald 饰）在回家的路上遭遇离奇车祸。斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）和道吉特（Robert Patrick 罗伯特•帕特里克 饰）前来调查，发现汽车撞上了一个人形物体，而随后发现的尸体头上竟然留有5个深深的手指印。现场留下的血迹和指纹表明，凶手很可能就是已经死亡的雷。 不久后，废品回收站另一位同事哈里（Dan Desmond 饰）被杀身亡，道吉特从现场的蛛丝马迹中发现，这一连串的杀人案件皆和一种记忆金属的研究工作有关……

有一个基因变种人，他内心有着难以抑制的吃人脑的欲望，可他却一心想做个好人。

一个叫做千禧组织的邪教团体召唤了四个活死人，意图通过仪式迎接世纪末的世界末日。Mulder和Scully找到曾是千禧组织成员之一的前FBI探员帮助破案。